Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов

Все штаммы

Thermus oshimai VZ2

Род
Thermus
Вид
oshimai
Штамм
VZ2
Среда культивирования
Castenholz medium
Температура культивирования, °C
70
Размер генома, п.н.
2 222 563
GC-состав, %
68.8
Уровень сборки
Large contigs
Место выделения
Golyginskiye Klyuchi, Kamchatka

Последовательности

ФайлВидВерсияСеквенированиеСборщикРазмер
TOSH_VZ2_genome.gb.gzаннотацияMinION hybracter v0.10.01,4 MB

Репликоны

Таблица (5)
IDНазваниеТопологияДлина, п.н.GC-состав, %
VZ2_CHRchromosomecircular1 969 86468.8
pVZ2_1plasmid pVZ2_1circular237 16468.7
pVZ2_2plasmid pVZ2_2linear10 18969.0
pVZ2_3plasmid pVZ2_3linear3 72971.4
pVZ2_4plasmid pVZ2_4linear1 61770.1

Системы CRISPR-Cas

Таблица (2)
ПодтипРепликонКоординаты
I-Echromosome1 103 528–1 113 064
III-Achromosome1 208 612–1 222 230

I-Echromosome · 1 103 528..1 113 064 · 9 537 п.н. · 9 открытых рамок считывания

CRISPR-кассета — 1 099 910..1 103 470 · 3 561 п.н. · консенсус повтора: CGGTCCATCCCCACGCGTGTGGGGACTACCRISPR-кассета — 1 113 228..1 114 120 · 893 п.н. · консенсус повтора: GTAGTCCCCACGCCCGTGGGGATGGACCG16S rRNA (Guanine(966)-N(2))-methyltransferase RsmD — 1 097 910..1 098 255 (−) · 346 п.н. · неполная рамкаNa+/phosphate symporter — 1 098 266..1 099 744 (−) · 1 479 п.н.CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 — 1 103 528..1 103 884 (−) · 357 п.н.CRISPR-associated endonuclease Cas1 2 — 1 103 844..1 104 815 (−) · 972 п.н.CRISPR-associated endoribonuclease Cse3 — 1 104 819..1 105 436 (−) · 618 п.н.Type I-E CRISPR-associated protein Cas5/CasD — 1 105 411..1 106 166 (−) · 756 п.н.Type I-E CRISPR-associated protein Cas7/Cse4/CasC — 1 106 168..1 107 298 (−) · 1 131 п.н.CRISPR-associated protein Cse2 — 1 107 295..1 107 795 (−) · 501 п.н.CRISPR-associated protein CasA/Cse1 — 1 107 792..1 109 270 (−) · 1 479 п.н.CRISPR-associated endonuclease/helicase Cas3 — 1 109 328..1 112 078 (−) · 2 751 п.н.Transcriptional regulator — 1 112 093..1 113 064 (−) · 972 п.н.Glycerol-3-phosphate acyltransferase — 1 114 129..1 114 635 (+) · 507 п.н.Dephospho-CoA kinase — 1 114 577..1 115 203 (−) · 627 п.н.CC-adding tRNA nucleotidyltransferase — 1 115 237..1 116 120 (+) · 884 п.н. · неполная рамкаtRNA-Pro(cgg) — 1 099 789..1 099 865 (−) · 77 п.н.

Интегративные элементы

Таблица (1)
НазваниетРНКРепликонКоординатыДлина, п.н.
IE1tRNA-Argchromosome915 690–923 6527 963

IE1chromosome · 915 690..923 652 · 7 963 п.н. · 6 открытых рамок считывания · 2 тРНК

Сайт прикрепления — 915 690..915 735 · 46 п.н.Мобильный элемент — 915 690..923 652 · 7 963 п.н.Сайт прикрепления — 923 577..923 652 · 76 п.н.Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H — 913 690..914 455 (−) · 766 п.н. · неполная рамкаTranscriptional regulator MraZ — 914 459..914 893 (−) · 435 п.н.hypothetical protein — 916 037..916 822 (+) · 786 п.н.hypothetical protein — 916 878..917 114 (+) · 237 п.н.DNA primase/polymerase bifunctional N-terminal domain-containing protein — 917 322..919 679 (+) · 2 358 п.н.DNA polymerase I — 919 669..921 753 (+) · 2 085 п.н.Transposase — 921 882..922 319 (+) · 438 п.н.Integrase — 922 347..923 501 (+) · 1 155 п.н.Sec-independent protein translocase protein TatA — 923 909..924 070 (+) · 162 п.н.Sulfur carrier protein FdhD — 924 067..924 804 (−) · 738 п.н.O-linked GlcNAc transferase — 924 902..925 652 (−) · 751 п.н. · неполная рамкаtRNA-Ser(cga) — 915 690..915 813 (−) · 124 п.н. · псевдогенtRNA-Arg(tct) — 923 577..923 652 (−) · 76 п.н.tRNA-Gly(tcc) — 923 687..923 762 (−) · 76 п.н.tRNA-Pro(tgg) — 923 764..923 840 (−) · 77 п.н.