Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов

Все штаммы

Thermus brevis GM15

Род
Thermus
Вид
brevis
Штамм
GM15
Среда культивирования
Castenholz medium
Температура культивирования, °C
70
Размер генома, п.н.
2 387 648
GC-состав, %
64.9
Уровень сборки
Large contigs
Место выделения
Dachnyye hot springs, Kamchatka
Дата поступления
1 сентября 2025 г.

Последовательности

ФайлВидВерсияСеквенированиеСборщикРазмер
TBRE_GM15_genome.gb.gzаннотацияMinION hybracter v0.10.01,5 MB

Репликоны

Таблица (4)
IDНазваниеТопологияДлина, п.н.GC-состав, %
GM15_CHRchromosomecircular2 266 32765.0
pGM15_1plasmid pGM15_1circular111 62163.2
pGM15_2plasmid pGM15_2linear7 88270.6
pGM15_3plasmid pGM15_3linear1 81862.0

Системы CRISPR-Cas

Таблица (2)
ПодтипРепликонКоординаты
III-Aplasmid pGM15_136 752–47 654
I-Bplasmid pGM15_179 891–88 300

III-Aplasmid pGM15_1 · 36 752..47 654 · 10 903 п.н. · 10 открытых рамок считывания

CRISPR-кассета — 35 684..36 032 · 349 п.н. · консенсус повтора: GTTGCAAGAGATGCTTCCCCGAAAGGGGATTGCGACCRISPR-кассета — 41 271..41 702 · 432 п.н. · консенсус повтора: GTTGCAAGAGATGCTTCCCCGAAAGGGGATTGCGACError-prone DNA polymerase — 33 684..34 533 (+) · 850 п.н. · неполная рамкаhypothetical protein — 34 497..35 306 (−) · 810 п.н.hypothetical protein — 36 102..36 446 (+) · 345 п.н.CRISPR-associated endoribonuclease Cas6 — 36 752..37 495 (+) · 744 п.н.CRISPR-associated (Cas) DxTHG family protein — 37 508..38 713 (−) · 1 206 п.н.Csm6 6H domain-containing protein — 38 757..39 962 (+) · 1 206 п.н.CRISPR-associated endonuclease Cas1 1 — 39 962..40 906 (+) · 945 п.н.CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 — 41 726..41 995 (+) · 270 п.н.CRISPR system Cms protein Csm5 — 42 100..43 227 (−) · 1 128 п.н.CRISPR system Cms protein Csm4 — 43 271..44 098 (−) · 828 п.н.CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 — 44 095..44 820 (−) · 726 п.н.CRISPR system Cms protein Csm2 — 44 824..45 228 (−) · 405 п.н.CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) — 45 231..47 654 (−) · 2 424 п.н.Plasmid replication initiator protein — 48 167..49 654 (+) · 1 488 п.н. · неполная рамка

Интегративные элементы

Таблица (2)
НазваниетРНКРепликонКоординатыДлина, п.н.
IE1tRNA-Ilechromosome389 306–397 1967 891
IE2tRNA-Valchromosome576 396–591 00814 613

IE1chromosome · 389 306..397 196 · 7 891 п.н. · 12 открытых рамок считывания · 2 тРНК

Сайт прикрепления — 389 306..389 382 · 77 п.н.Мобильный элемент — 389 306..397 196 · 7 891 п.н.Сайт прикрепления — 397 150..397 196 · 47 п.н.Site-specific integrase — 389 460..390 635 (−) · 1 176 п.н.hypothetical protein — 390 635..390 757 (−) · 123 п.н.hypothetical protein — 390 747..390 959 (−) · 213 п.н.hypothetical protein — 391 230..391 523 (−) · 294 п.н.Transposase zinc-ribbon domain-containing protein — 391 510..392 037 (−) · 528 п.н.hypothetical protein — 392 034..392 282 (−) · 249 п.н.hypothetical protein — 392 269..392 889 (−) · 621 п.н.DNA primase/polymerase bifunctional N-terminal domain-containing protein — 392 880..394 799 (−) · 1 920 п.н.DNA primase/polymerase bifunctional N-terminal domain-containing protein — 394 830..395 693 (−) · 864 п.н.DNA-binding protein — 395 703..395 918 (−) · 216 п.н.hypothetical protein — 396 002..396 757 (−) · 756 п.н.DUF1902 domain-containing protein — 396 787..397 008 (+) · 222 п.н.Arabinose efflux permease family protein — 397 258..398 463 (−) · 1 206 п.н.HTH-type transcriptional regulator KmtR — 398 466..398 807 (−) · 342 п.н.Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase — 398 937..399 196 (+) · 260 п.н. · неполная рамкаtRNA-Ile(gat) — 389 306..389 382 (+) · 77 п.н.tRNA-Leu(caa) — 397 115..397 196 (+) · 82 п.н. · псевдоген