Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов

Все штаммы

Thermus sp. H19.2

Род
Thermus
Вид
sp.
Штамм
H19.2
Среда культивирования
Thermus TB++ medium
Температура культивирования, °C
70
Размер генома, п.н.
2 625 626
GC-состав, %
68.2
Уровень сборки
Complete replicons
Accession
GCF_054979525.1
Место выделения
Kunashir Island
Дата поступления
1 сентября 2023 г.

Последовательности

ФайлВидВерсияСеквенированиеСборщикРазмер
Tsp_H19.2_genome.gb.gzаннотацияMinION + DNBSEQ-G400, PE hybracter v0.10.01,7 MB

Репликоны

Таблица (4)
IDНазваниеТопологияДлина, п.н.GC-состав, %
CM143429.1chromosomecircular2 263 01468.3
JBUFDB010000002.1plasmid pTSPH191circular259 60067.8
JBUFDB010000003.1plasmid pTSPH192circular89 45366.2
JBUFDB010000004.1plasmid pTSPH193circular13 55968.2

Системы CRISPR-Cas

Таблица (2)
ПодтипРепликонКоординаты
I-Gchromosome66 333–72 410
I-Eplasmid pTSPH191128 077–137 701

I-Gchromosome · 66 333..72 410 · 6 078 п.н. · 4 открытые рамки считывания

Мобильный элемент — 64 333..74 410 · 10 078 п.н.Мобильный элемент — 72 459..73 735 · 1 277 п.н.PD-(D/E)XK endonuclease-like domain-containing protein — 64 333..65 932 (−) · 1 600 п.н. · неполная рамкаCRISPR-associated protein Csb2 — 66 333..67 346 (−) · 1 014 п.н.HD Cas3-type domain-containing protein — 67 343..70 111 (−) · 2 769 п.н.Type I-U CRISPR-associated protein Cas5/Cas6 — 70 101..71 483 (−) · 1 383 п.н.CRISPR-associated protein — 71 484..72 410 (−) · 927 п.н.Integrase catalytic domain-containing protein — 72 494..73 363 (−) · 870 п.н.Transposase — 73 360..73 665 (−) · 306 п.н.Arabinooligosaccharides transport system permease protein AraQ — 73 823..74 410 (+) · 588 п.н. · неполная рамка

Интегративные элементы

Таблица (3)
НазваниетРНКРепликонКоординатыДлина, п.н.
IE1tRNA-Valchromosome57 502–99 68342 182
IE2tRNA-Ilechromosome415 194–450 80935 616
IE3tRNA-Alachromosome1 439 439–1 454 51515 077

IE1chromosome · 57 502..99 683 · 42 182 п.н. · 49 открытых рамок считывания · 2 тРНК

Сайт прикрепления — 57 502..57 578 · 77 п.н.Мобильный элемент — 57 502..99 683 · 42 182 п.н.Мобильный элемент — 72 459..73 735 · 1 277 п.н.Мобильный элемент — 74 435..75 711 · 1 277 п.н.Мобильный элемент — 88 951..90 307 · 1 357 п.н.Сайт прикрепления — 99 636..99 683 · 48 п.н.Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA — 55 502..55 860 (+) · 359 п.н. · неполная рамкаCysteine synthase — 55 857..56 771 (−) · 915 п.н.Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase — 56 879..57 346 (+) · 468 п.н.Site-specific integrase — 57 658..58 839 (−) · 1 182 п.н.hypothetical protein — 58 817..59 044 (−) · 228 п.н.hypothetical protein — 59 178..59 645 (−) · 468 п.н.hypothetical protein — 59 765..60 100 (−) · 336 п.н.DNA 3'-5' helicase — 60 315..63 347 (−) · 3 033 п.н.PD-(D/E)XK endonuclease-like domain-containing protein — 63 350..65 932 (−) · 2 583 п.н.CRISPR-associated protein Csb2 — 66 333..67 346 (−) · 1 014 п.н.HD Cas3-type domain-containing protein — 67 343..70 111 (−) · 2 769 п.н.Type I-U CRISPR-associated protein Cas5/Cas6 — 70 101..71 483 (−) · 1 383 п.н.CRISPR-associated protein — 71 484..72 410 (−) · 927 п.н.Integrase catalytic domain-containing protein — 72 494..73 363 (−) · 870 п.н.Transposase — 73 360..73 665 (−) · 306 п.н.Arabinooligosaccharides transport system permease protein AraQ — 73 823..74 437 (+) · 615 п.н.Transposase — 74 505..74 810 (+) · 306 п.н.Integrase catalytic domain-containing protein — 74 807..75 676 (+) · 870 п.н.hypothetical protein — 75 733..75 918 (+) · 186 п.н.hypothetical protein — 76 115..76 303 (+) · 189 п.н.Bacteriophage adsorption protein B — 76 310..76 789 (+) · 480 п.н.hypothetical protein — 76 880..77 152 (+) · 273 п.н.hypothetical protein — 77 348..77 485 (+) · 138 п.н.HEAT repeat domain-containing protein — 77 702..78 133 (+) · 432 п.н.hypothetical protein — 78 235..78 423 (−) · 189 п.н.Guanidinobutyrase — 78 925..79 851 (+) · 927 п.н.Histidine ammonia-lyase — 79 843..81 363 (−) · 1 521 п.н.Imidazolonepropionase — 81 354..82 532 (−) · 1 179 п.н.Urocanate hydratase — 82 529..84 109 (−) · 1 581 п.н.ABC transporter domain-containing protein — 84 194..84 892 (−) · 699 п.н.Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB — 84 879..85 628 (−) · 750 п.н.High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivM — 85 625..86 437 (−) · 813 п.н.High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH — 86 451..87 314 (−) · 864 п.н.Leu/Ile/Val-binding -like protein — 87 324..87 893 (−) · 570 п.н.Leu/Ile/Val-binding protein — 87 957..88 445 (−) · 489 п.н.HTH-type transcriptional repressor DasR — 88 442..89 149 (−) · 708 п.н.Insertion element IS600 uncharacterized protein — 89 195..89 455 (−) · 261 п.н.Pilin gene-inverting protein — 89 452..90 261 (−) · 810 п.н.hypothetical protein — 90 426..90 776 (+) · 351 п.н.ATP-binding protein — 91 206..92 444 (−) · 1 239 п.н.Ribbon-helix-helix protein CopG domain-containing protein — 92 592..92 822 (+) · 231 п.н.Ribonuclease VapC — 92 819..93 232 (+) · 414 п.н.hypothetical protein — 93 689..93 982 (−) · 294 п.н.Transposase zinc-ribbon domain-containing protein — 93 969..94 484 (−) · 516 п.н.hypothetical protein — 94 493..94 741 (−) · 249 п.н.Prevent-host-death protein — 94 966..95 304 (−) · 339 п.н.hypothetical protein — 95 301..97 076 (−) · 1 776 п.н.DNA primase/polymerase bifunctional N-terminal domain-containing protein — 97 073..97 978 (−) · 906 п.н.DNA-binding protein — 97 988..98 203 (−) · 216 п.н.hypothetical protein — 98 281..99 027 (−) · 747 п.н.DUF1902 domain-containing protein — 99 068..99 289 (+) · 222 п.н.YcfA family protein — 99 289..99 483 (+) · 195 п.н.DUF721 domain-containing protein — 99 700..100 482 (−) · 783 п.н.DNA replication and repair protein RecF — 100 467..101 498 (−) · 1 032 п.н.Multidrug resistance protein 2 — 101 498..101 683 (−) · 186 п.н. · неполная рамкаtRNA-Glu(ctc) — 57 426..57 500 (+) · 75 п.н.tRNA-Val(tac) — 57 502..57 578 (+) · 77 п.н.tRNA-Val(tac) — 99 614..99 683 (+) · 70 п.н.

Примечания

Isolated by Karyna Karneyeva and Anastasiia Grigoreva