Раздел "Штаммы"

Понемногу доделываю сайт. Теперь тут появился раздел "Штаммы", в который я собираюсь выложить список штаммов, которые мы когда-то изолировали:
https://hotspringslab.ru/en/resources/strains

У каждого штамма есть карточка, на которой указано, на какой среде (рецепты среды приведены) и при какой температуре выращивать штамм, а также указаны некоторые рабочие заметки.

Еще для опубликованных штаммов я выложил геномные аннотации.
Тут можно задаться вопросом зачем это все нужно, если аннотации можно скачать с NCBI. Ну во-первых это для моих уважаемых коллег. Бывает, меня спрашивают что-нибудь вроде "скинь сиквенс HB27c" - и, конечно, у меня возникает желание ответить как-нибудь вроде "А тебе самому в генбанке поискать лень?" - но я понимаю, что проще будет все-таки скинуть. Теперь я могу с чистой совестью отвечать "А вот посмотри на нашем сайте". Также с помощью сайта любой человек может получить ответ на вопрос "Сколько плазмид у штамма HB8" (в последнее время этот вопрос мне задавали около пяти раз), поскольку на карточке штаммов приведены таблицы со списком репликонов.

Ну а еще я с помощью того же вайб-кодинга соорудил комбайн, который объединяет выходы нескольких тулов для аннотации:
1) Bakta - предсказывает ORFs, rRNA, t(m)RNA, ncRNA, а также сканирует аминокислотные последовательности против базы данных;
2) Baktfold - делает структурные предсказания для неаннотированных белков и сканирует их против баз данных структур;
3) CCTyper - предсказывает CRISPR-Cas системы;
4) DefenseFinder и PADLOC - предсказывает другие защитные системы;
5) geNomad - предсказывает профагов;
6) ISEScan - предсказывает инсерционные последовательности.

Кроме этого, CCTyper часто ошибочно определяет ориентацию CRISPR кассет - но, поскольку повторы термусных систем нам известны, я сделал штуку, которая переориентирует кассеты и размечает границы спейсеров и повторов.

Ну и самое главное - в геномах термусов очень часто встречаются интегративные элементы, которые встраиваются по генам тРНК. Существующие тулы такие элементы либо не умеют размечать, либо делают это плохо, и я прикрутил к комбайну пайплайн, разработанный Ильей, который как раз детектирует такие элементы.

Вообще говоря, аннотации могут выглядеть сильно перегруженными, но вы гляньте, пожалуйста, как оно вам.